******************************************************************************** MEME - Motif discovery tool ******************************************************************************** MEME version 4.8.1 (Release date: Tue Feb 7 14:03:40 EST 2012) For further information on how to interpret these results or to get a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net. This file may be used as input to the MAST algorithm for searching sequence databases for matches to groups of motifs. MAST is available for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net. ******************************************************************************** ******************************************************************************** REFERENCE ******************************************************************************** If you use this program in your research, please cite: Timothy L. Bailey and Charles Elkan, "Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, AAAI Press, Menlo Park, California, 1994. ******************************************************************************** ******************************************************************************** TRAINING SET ******************************************************************************** DATAFILE= ./seqs-centered ALPHABET= ACGT Sequence name Weight Length Sequence name Weight Length ------------- ------ ------ ------------- ------ ------ EP_1 1.0000 100 EP_2 1.0000 100 EP_3 1.0000 100 EP_4 1.0000 100 EP_5 1.0000 100 EP_6 1.0000 100 EP_7 1.0000 100 EP_8 1.0000 100 EP_9 1.0000 100 EP_10 1.0000 100 EP_11 1.0000 100 EP_12 1.0000 100 EP_13 1.0000 100 EP_14 1.0000 100 EP_15 1.0000 100 EP_16 1.0000 100 EP_17 1.0000 100 EP_18 1.0000 100 EP_19 1.0000 100 EP_20 1.0000 100 EP_21 1.0000 100 EP_22 1.0000 100 EP_23 1.0000 100 EP_24 1.0000 100 EP_25 1.0000 100 EP_26 1.0000 100 EP_27 1.0000 100 EP_28 1.0000 100 EP_29 1.0000 100 EP_30 1.0000 100 EP_31 1.0000 100 EP_32 1.0000 100 EP_33 1.0000 100 EP_34 1.0000 100 EP_35 1.0000 100 EP_36 1.0000 100 EP_37 1.0000 100 EP_38 1.0000 100 EP_39 1.0000 100 EP_40 1.0000 100 EP_41 1.0000 100 EP_42 1.0000 100 EP_43 1.0000 100 EP_44 1.0000 100 EP_45 1.0000 100 EP_46 1.0000 100 EP_47 1.0000 100 EP_48 1.0000 100 EP_49 1.0000 100 EP_50 1.0000 100 EP_51 1.0000 100 EP_52 1.0000 100 EP_53 1.0000 100 EP_54 1.0000 100 EP_55 1.0000 100 EP_56 1.0000 100 EP_57 1.0000 100 EP_58 1.0000 100 EP_59 1.0000 100 EP_60 1.0000 100 EP_61 1.0000 100 EP_62 1.0000 100 EP_63 1.0000 100 EP_64 1.0000 100 EP_65 1.0000 100 EP_66 1.0000 100 EP_67 1.0000 100 EP_68 1.0000 100 EP_69 1.0000 100 EP_70 1.0000 100 EP_71 1.0000 100 EP_72 1.0000 100 EP_73 1.0000 100 EP_74 1.0000 100 EP_75 1.0000 100 EP_76 1.0000 100 EP_77 1.0000 100 EP_78 1.0000 100 EP_79 1.0000 100 EP_80 1.0000 100 EP_81 1.0000 100 EP_82 1.0000 100 EP_83 1.0000 100 EP_84 1.0000 100 EP_85 1.0000 100 EP_86 1.0000 100 EP_87 1.0000 100 EP_88 1.0000 100 EP_89 1.0000 100 EP_90 1.0000 100 EP_91 1.0000 100 EP_92 1.0000 100 EP_93 1.0000 100 EP_94 1.0000 100 EP_95 1.0000 100 EP_96 1.0000 100 EP_97 1.0000 100 EP_98 1.0000 100 EP_99 1.0000 100 EP_100 1.0000 100 EP_101 1.0000 100 EP_102 1.0000 100 EP_103 1.0000 100 EP_104 1.0000 100 EP_105 1.0000 100 EP_106 1.0000 100 EP_107 1.0000 100 EP_108 1.0000 100 EP_109 1.0000 100 EP_110 1.0000 100 EP_111 1.0000 100 EP_112 1.0000 100 EP_113 1.0000 100 EP_114 1.0000 100 EP_115 1.0000 100 EP_116 1.0000 100 EP_117 1.0000 100 EP_118 1.0000 100 EP_119 1.0000 100 EP_120 1.0000 100 EP_121 1.0000 100 EP_122 1.0000 100 EP_123 1.0000 100 EP_124 1.0000 100 EP_125 1.0000 100 EP_126 1.0000 100 EP_127 1.0000 100 EP_128 1.0000 100 EP_129 1.0000 100 EP_130 1.0000 100 EP_131 1.0000 100 EP_132 1.0000 100 EP_133 1.0000 100 EP_134 1.0000 100 EP_135 1.0000 100 EP_136 1.0000 100 EP_137 1.0000 100 EP_138 1.0000 100 EP_139 1.0000 100 EP_140 1.0000 100 EP_141 1.0000 100 EP_142 1.0000 100 EP_143 1.0000 100 EP_144 1.0000 100 EP_145 1.0000 100 EP_146 1.0000 100 EP_147 1.0000 100 EP_148 1.0000 100 EP_149 1.0000 100 EP_150 1.0000 100 EP_151 1.0000 100 EP_152 1.0000 100 EP_153 1.0000 100 EP_154 1.0000 100 EP_155 1.0000 100 EP_156 1.0000 100 EP_157 1.0000 100 EP_158 1.0000 100 EP_159 1.0000 100 EP_160 1.0000 100 EP_161 1.0000 100 EP_162 1.0000 100 EP_163 1.0000 100 EP_164 1.0000 100 EP_165 1.0000 100 EP_166 1.0000 100 EP_167 1.0000 100 EP_168 1.0000 100 EP_169 1.0000 100 EP_170 1.0000 100 EP_171 1.0000 100 EP_172 1.0000 100 EP_173 1.0000 100 EP_174 1.0000 100 EP_175 1.0000 100 EP_176 1.0000 100 EP_177 1.0000 100 EP_178 1.0000 100 EP_179 1.0000 100 EP_180 1.0000 100 EP_181 1.0000 100 EP_182 1.0000 100 EP_183 1.0000 100 EP_184 1.0000 100 EP_185 1.0000 100 EP_186 1.0000 100 EP_187 1.0000 100 EP_188 1.0000 100 EP_189 1.0000 100 EP_190 1.0000 100 EP_191 1.0000 100 EP_192 1.0000 100 EP_193 1.0000 100 EP_194 1.0000 100 EP_195 1.0000 100 EP_196 1.0000 100 EP_197 1.0000 100 EP_198 1.0000 100 EP_199 1.0000 100 EP_200 1.0000 100 EP_201 1.0000 100 EP_202 1.0000 100 EP_203 1.0000 100 EP_204 1.0000 100 EP_205 1.0000 100 EP_206 1.0000 100 EP_207 1.0000 100 EP_208 1.0000 100 EP_209 1.0000 100 EP_210 1.0000 100 EP_211 1.0000 100 EP_212 1.0000 100 EP_213 1.0000 100 EP_214 1.0000 100 EP_215 1.0000 100 EP_216 1.0000 100 EP_217 1.0000 100 EP_218 1.0000 100 EP_219 1.0000 100 EP_220 1.0000 100 EP_221 1.0000 100 EP_222 1.0000 100 EP_223 1.0000 100 EP_224 1.0000 100 EP_225 1.0000 100 EP_226 1.0000 100 EP_227 1.0000 100 EP_228 1.0000 100 EP_229 1.0000 100 EP_230 1.0000 100 EP_231 1.0000 100 EP_232 1.0000 100 EP_233 1.0000 100 EP_234 1.0000 100 EP_235 1.0000 100 EP_236 1.0000 100 EP_237 1.0000 100 EP_238 1.0000 100 EP_239 1.0000 100 EP_240 1.0000 100 EP_241 1.0000 100 EP_242 1.0000 100 EP_243 1.0000 100 EP_244 1.0000 100 EP_245 1.0000 100 EP_246 1.0000 100 EP_247 1.0000 100 EP_248 1.0000 100 EP_249 1.0000 100 EP_250 1.0000 100 EP_251 1.0000 100 EP_252 1.0000 100 EP_253 1.0000 100 EP_254 1.0000 100 EP_255 1.0000 100 EP_256 1.0000 100 EP_257 1.0000 100 EP_258 1.0000 100 EP_259 1.0000 100 EP_260 1.0000 100 EP_261 1.0000 100 EP_262 1.0000 100 EP_263 1.0000 100 EP_264 1.0000 100 EP_265 1.0000 100 EP_266 1.0000 100 EP_267 1.0000 100 EP_268 1.0000 100 EP_269 1.0000 100 EP_270 1.0000 100 EP_271 1.0000 100 EP_272 1.0000 100 EP_273 1.0000 100 ******************************************************************************** ******************************************************************************** COMMAND LINE SUMMARY ******************************************************************************** This information can also be useful in the event you wish to report a problem with the MEME software. command: meme ./seqs-centered -oc meme_out -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minw 6 -maxw 30 -time 7200 -revcomp -nostatus model: mod= zoops nmotifs= 3 evt= inf object function= E-value of product of p-values width: minw= 6 maxw= 30 minic= 0.00 width: wg= 11 ws= 1 endgaps= yes nsites: minsites= 2 maxsites= 273 wnsites= 0.8 theta: prob= 1 spmap= uni spfuzz= 0.5 global: substring= yes branching= no wbranch= no em: prior= dirichlet b= 0.01 maxiter= 50 distance= 1e-05 data: n= 27300 N= 273 strands: + - sample: seed= 0 seqfrac= 1 Letter frequencies in dataset: A 0.276 C 0.224 G 0.224 T 0.276 Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied): A 0.276 C 0.224 G 0.224 T 0.276 ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 1 width = 15 sites = 273 llr = 1646 E-value = 3.1e-049 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A 1::3::121321134 pos.-specific C 27611:4:3311321 probability G 31::::5:2114212 matrix T 41369a:74364332 bits 2.2 1.9 1.7 * 1.5 ** Relative 1.3 ** Entropy 1.1 * ** (8.7 bits) 0.9 ** **** 0.6 ******* 0.4 ******* 0.2 ********* ** 0.0 --------------- Multilevel TCCTTTGTTATTCAA consensus G TA CACT GTTG sequence C GC GC -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- --------------- EP_155 - 22 3.36e-08 TTTATGCAGT GCCTTTGTTCTGCAA AGTGCTGAAC EP_263 + 37 4.82e-07 ACAAGCACTA TCCTTTGTTGTGCAA ATAGATGTAG EP_103 + 51 4.82e-07 CTTGATCGCT TCCTTTCTCATGTAA ACGGATACAG EP_61 + 37 4.82e-07 TAGTCCAAAG TCCTTTGTCATTTTA CGCGCTCCCT EP_237 + 77 6.98e-07 GGACTAGCTG GCCTTTGTTATGTTA CTTTTTCTT EP_156 - 17 1.89e-06 TAAGCATTTC CCCATTGTCCTGCAA GCACAGCCTT EP_139 + 6 1.89e-06 AACTT TCCTTTGTTCTCCAG AGAGGTCACC EP_86 - 50 1.89e-06 CAGGGTTATT TCCTTTCTTATGGGA ATGGAGCCTC EP_216 + 23 2.56e-06 CTCAAGTGCT CCCTTTCTTTTGTAA CCCACAGGAA EP_184 - 28 2.56e-06 CAATCTGCCC TCTTTTGTTATTTAA CCACTCCCCA EP_203 + 34 3.43e-06 AACTGGAATG CCCTTTGTCATTGAG ACATCATTAG EP_22 + 53 3.43e-06 TGAAAGCAGC TCCTTTCTCCTTTTG TTCCACGCCA EP_130 + 36 4.51e-06 ATAATTGCTC TCCTTTGTTCTGATG CAATTGGGAG EP_125 - 33 5.87e-06 CTCCCATGTG TCCATTGTCCTTGTG TGGTGGTATT EP_102 - 54 7.57e-06 CAGGGTTTCC TCCTTTGTCATGAGA ATGAAGCCAA EP_33 + 46 7.57e-06 GGAACCCATG TCTTTTGTTATTCAT AGATGTAATG EP_145 - 71 9.66e-06 GCATAGCCCA TCTATTCTTATGCAA ATATAATCCC EP_124 + 53 9.66e-06 CGCTGCGACC TCCATTGTGCTGTGA GCACCAGGGA EP_85 - 1 9.66e-06 TGTAGATGCC GCCTTTCTTTTCCTA EP_255 - 17 1.22e-05 TTTTAATTGC TCTTTTGTTGTTGAA TTGTAAGAAG EP_180 + 47 1.53e-05 GTTTGTGTTT CCTTTTGTTATTTTA AAGTCGGTGT EP_17 + 7 1.53e-05 TATTCA TCCATTGTCATTATA TACAGTGACT EP_239 - 31 1.90e-05 GCTATCATGC ACCTTTGTTATGCAT CTGCCGTCTG EP_225 + 11 1.90e-05 CATGAAAGTT TCCTTTCAGCTGTTA ATGTATTCTA EP_81 - 29 1.90e-05 AGGGTCGGGC CCCATTGTGATTTCA ACGACTCCGA EP_56 - 49 1.90e-05 CAATCAGGGA GCCTTTGTTCTCTAT TGTTATCCTG EP_267 - 41 2.34e-05 TGGATTGCCT GCCTTTCATCTTTTA TCTCCGAAAT EP_192 - 67 2.34e-05 ACTACTCACT GCCATTGTTCTTGCC ACTGGGTTCT EP_189 - 54 2.34e-05 AAATGGATTG TCCTTTGTGGTTGAC AGTCTTCCCT EP_149 + 41 2.34e-05 CTTGCTTCAG CCCTTTGTCTTTTCC TTTGTTGGGT EP_71 + 29 2.34e-05 GATCATCATA GCCATTGTTATTGCT ACTGCAAACA EP_218 + 2 2.87e-05 G GCTTTTGATCTGCTA GTTAAGGCCC EP_187 + 28 2.87e-05 GAAACCAACC TCCTTTCTCTCTTTA ATCACCGCTA EP_159 + 56 2.87e-05 TTCAATCACT TCCTTTGTGAAGCAC TGAGCATCAC EP_127 + 44 2.87e-05 CAGCAATCCA TCCTTTGTATTGCTT GAGCACTTAC EP_58 - 64 2.87e-05 AACTGTTGTT TCTTTTGTTGTGCAT ATGTGCATTG EP_1 - 26 2.87e-05 TTACAAAAGC TCTTTTCATATTCAA AGATGGTGCC EP_208 - 75 3.49e-05 CCCACTAGGC TCCATTGTCCCTTTA CAATAGAGGT EP_53 - 20 4.23e-05 TTCAGCTGCC ACCATTGTTATTGCA ATTACTGTGA EP_269 - 31 5.09e-05 GACGGGCACT TTCTTTGTCTTTGAG AGGACTGAAT EP_214 + 67 5.09e-05 GGCATTGTTT CCCTTTGTCGATCAA AGGCACAGGG EP_176 + 1 5.09e-05 . GCCTTTCTGGTGGAT CAAACTCATT EP_163 - 51 5.09e-05 ACCCATTCTG TTCATTGTTATTCTA GTGCCAGCAA EP_117 - 8 5.09e-05 TGAAGGCCCT GTCTTTGTCATGTCA ACTGCAC EP_116 - 53 5.09e-05 GGCCTCCCCA TCTTTTCTCCGGGCA GCGGCCATCT EP_13 - 7 5.09e-05 ATCAGTTCAG CCCATTGTCTGGGAA TGCTTG EP_12 + 67 5.09e-05 TTGATTGGCT TCTATTGTTCCTCAA GGGTGAAAGT EP_211 - 65 6.09e-05 GTCCTCAGAA TCTTTTGTCTTGAAT ATGCACAGAG EP_129 + 67 6.09e-05 CTACATCTTG CCCTTTCTTTGTCTG AGGTGGGACC EP_74 - 22 6.09e-05 GGAAAGCTGT GGCTTTGTCCTTCAC TAGTTCCAAG EP_21 + 16 6.09e-05 TAAATTGAGC CTCTTTGTTTTTTAA TTAAGCTCCC EP_248 + 27 7.25e-05 TGATCTACTC TCTTTTCATTTGTTA TGCATATCCT EP_207 - 35 7.25e-05 TCATTTCACA GCCATTGTGAAGGCA TCCAAAGTTT EP_142 + 14 7.25e-05 CTTTGTGCGG GCCTTTGTGTAGCTT TTGTTGTAAA EP_59 + 74 7.25e-05 GCTGATTTGA GCTTTTCAGATGCAA AGAGTGTTAA EP_137 - 60 8.57e-05 CCTAATCCCT GTCTTTGTCATCCAA ATCACAGAGG EP_168 + 60 1.01e-04 TTGAGTGTTT TGCTTTGTTGTGGGA ATGAGTCTTT EP_151 + 86 1.01e-04 CTTGCCTGGG TCCTTTGTCAGAGAG EP_111 - 47 1.01e-04 CCCTCGACCT TCCTCTGTCCTTTCA CCCAAGCATC EP_228 + 18 1.18e-04 GCCAGGGCCC ACCATTGTTCTGGCC CAATGGTTCA EP_223 + 69 1.18e-04 CCATCCAGTC CCCATTGTCACTGAG AGAGGCTGTG EP_169 + 42 1.18e-04 GCATAATCTT TGCATTGTTATTTCG ATAGCCCATC EP_126 + 1 1.18e-04 . GCATTTGTTATTCTA ATGACCCCTC EP_100 - 35 1.18e-04 GCTGCTCCAG TCCTTTCTGAAGAAG GGAACCCCAC EP_50 - 84 1.18e-04 CC TCCTTTGTGTAATAA GATGTCATGG EP_40 + 66 1.18e-04 AGCAGGTAAA GCCATTCTCTATGCA AATTGAATCT EP_261 + 11 1.38e-04 ATTCAAAGGA GGCATTGTCTTGCTG AGTGGATGAT EP_226 + 8 1.38e-04 ATCTCTT CCTTTTCACATTTAA CAGCCAGCCC EP_165 + 45 1.38e-04 AAAGGCTGGC TGTTTTCTTTTGTTA AATACAAAAG EP_154 + 79 1.38e-04 GGCTCTCAGT TCTTTTCTTCTCTCC AGCACTA EP_138 - 36 1.38e-04 TGCCATTGTT TCCTTTATTATGCTT ATCTCAAGGA EP_16 + 4 1.38e-04 CTG TCCTTTCTCAGCCTT TGTAACTAAT EP_7 - 73 1.38e-04 TAGTGCTTTG GCTTTTGTGTTGAAT GAGGAGTTGG EP_252 - 84 1.61e-04 AC CCCTTTGTCTGGATG AGCTGACATC EP_219 + 73 1.61e-04 CCACACGTCA ACTATTGTCATGCAG CAACTGGACA EP_166 - 30 1.61e-04 ATGAAGGCTG GCTTTTGTGTTTTGT TTGTGTTTTT EP_132 + 28 1.61e-04 GAGGCTGCGT GCTTTTCTTTTCCCT GCAGCTCTTG EP_72 - 52 1.61e-04 CCGGGGAGTT TCCTTTCAGCTCTGA CTACTGCAGT EP_67 - 23 1.61e-04 ACACATCAAC TGTTTTGTTATTCCT AATGCAGGGA EP_64 + 42 1.61e-04 GGGTTATTGT TCCTTTGTGACACTG CACACCTCTT EP_46 + 15 1.61e-04 TGTTGACTGT CCTTTTCTTCTCAAA GGTCCTCTAC EP_268 + 37 1.86e-04 CTTGCTTTAG TGTTTTCTTTTTCTG ATGCATCTCC EP_231 - 23 1.86e-04 AGCTCCTCAC CCCATTGTCTATGGA TGGGCCATTA EP_220 - 31 1.86e-04 GACCATCATA TGCATTGTAATTCAA TATCTCCTTA EP_140 - 22 1.86e-04 TTTGATGTGC CCCATTGTTTTCTGG GGACCACTGC EP_115 - 82 1.86e-04 TTAC TCCTTTGTGGTAACA AGAAGGGAAA EP_110 + 4 1.86e-04 ACA TCCTTTGTCCCGAGT CTTACTTCCA EP_77 + 1 1.86e-04 . TCATTTGTTCTTTTG TCCATACGCA EP_73 - 61 1.86e-04 GATGGTCTAA GCTTTTGTCCGGGCC ACCTGAACTG EP_54 - 50 1.86e-04 GATATAGGAG TGCTTTGTGTGTGTA AGTGTTTGCT EP_206 + 20 2.15e-04 GCACTCAGTT CCTTTTCTTTTCTCG CTCTGCTATT EP_204 - 50 2.15e-04 AGCCAAAGAG TTCTTTGTCTCTGCA AATGGCCCCA EP_196 - 72 2.15e-04 ACTTGTAAGG GCCTTTGTTCAATTG AAGACCTTAC EP_161 + 34 2.15e-04 CGGCTCCTTG ACCTTTGTCACTGTG GGTGACCATT EP_119 + 76 2.15e-04 CCCTGACTTG ACTTTTCTGCTTCAT CTTTGGAAAA EP_66 + 71 2.15e-04 TAAGCCAATG CTCTTTGTTAAGGAA ATTGATGGCT EP_51 - 36 2.15e-04 GATGATAGGG GTCATTGTTATGTTG ATGGGGCCCA EP_38 - 23 2.15e-04 TGACACAGGG CCCATTCTCCAGTGA GTTCCACCCG EP_27 + 20 2.15e-04 AACAGATCTC TCCTTTCATGGGCAG TCTGAGTTGG EP_19 + 21 2.15e-04 TGTTTTTAAA TCCTTTCATTAGAAA TTTAAAACTC EP_230 + 84 2.47e-04 CCTGATAGAT ACTTTTGTCTTTGTT AT EP_80 + 80 2.47e-04 AAAGCCAGAC CCTTTTGTTAAGATA AAACCA EP_47 - 29 2.47e-04 ACTAATTTGT CCCTTTGTTTCACCG AATGCTTGCT EP_39 + 63 2.47e-04 TTCAAAGACA GCTTTTGTCTTACCC AAAAGCAATT EP_271 + 38 2.82e-04 CGCCACAATG TCCATTGTTGGCTTA ATGGATTATC EP_262 + 43 2.82e-04 AACAGCGACT TCCTTTCTTGTCATT GACACCTTGA EP_259 + 59 2.82e-04 CACATTGCTA CCTATTGTGATTAAG TAGCCACATT EP_221 + 35 2.82e-04 AATAGGCTCT CCCTTTCTCAGCTTG AGCCTAGCCA EP_183 + 83 2.82e-04 TTATCCCTCT GCCTTTCTTCTCAGC ATT EP_147 - 49 2.82e-04 CGCCTGCTGT GCCTTTGAGTGGCCT GCTGTGCCTT EP_118 - 55 2.82e-04 TAGAGCCATG CCTTTTGTGGAGGAA GTGTGTGCTC EP_112 - 54 2.82e-04 AGACCCGGGA GCCTTTGTTCAAACA GAGGTCACCG EP_107 + 60 2.82e-04 AACTAAACAG GCTTTTCAGATGAAA ATGAGTCCAG EP_69 - 75 2.82e-04 TAATTAGTCT ACCTTTCTCCTAGGA GTCCGGTCTC EP_41 + 56 2.82e-04 GAAGTGATAC TGTATTCTGATGGAA ATGGCTGCAA EP_26 + 30 2.82e-04 GTGTCTGGGA TCTATTGTTTATTTG TGTTGTAAAT EP_8 + 40 2.82e-04 GCAAGTGGCA ACTATTGTGTTGTTA ATGATGCAAT EP_6 - 64 2.82e-04 ATGAATTTGA GCTTTTGACTTCTCA GTCTTTGGGA EP_195 + 63 3.22e-04 GTCTTCAGCT GTCATTGTTCTGAAG GATAAAGCAA EP_181 - 38 3.22e-04 CAAATCCAAA GGCTTTGTCCTCTTT GCCAATGACT EP_134 - 30 3.22e-04 ACACCATTAA GGCTTTCATATGTAG ATCATGATCC EP_55 - 37 3.22e-04 ACCTGCTGAC TCCTTTCAGTGTCTT CTCTTAGGGC EP_43 - 62 3.22e-04 TAGAGTCATG CTCTTTGATATGGAG ATGGCCCTGA EP_23 + 24 3.22e-04 TCAGGCAGTT TCCTTTCCTTTGTTG GGAGTGATGT EP_175 + 79 3.66e-04 AAGGGGCTGT GCCTTTATCCAGGAA GGCCAGC EP_143 - 11 3.66e-04 TCTACTCTAC TCTTTTGATCCGCTC TTTTGTCTTT EP_63 + 83 3.66e-04 TTGTTACCAC CCCATTGTCTCTTTC ATT EP_28 + 38 3.66e-04 AGATTCCATT CCCTTTCATCCTTGA GTACAAGAGA EP_256 - 51 4.15e-04 GAACTCACTG TCCTTTCAGGTCCAC CTTTGCTCTG EP_238 - 38 4.15e-04 CACCTGTCAG CTTATTGTCATTCTA TTAGATGCTT EP_186 - 41 4.15e-04 AGATGTCCCT TGCATTCAGATGTAA GGACAATTCA EP_174 + 72 4.15e-04 GATGGGTTAG TCAATTGTCATTTAG ATCTCTGTGT EP_131 + 19 4.15e-04 TCTTAAGTAG CCTTTTGTAAATCTA TTGTAGAGGC EP_120 - 64 4.15e-04 TCACTTAGTT TCTATTGTACTCGAG TTAGGGAGAG EP_114 + 73 4.15e-04 GAAGGGATCC GCCATTGTAATCCTC TCCACCTACT EP_82 + 28 4.15e-04 TCTGGGACCC CCCATTGTGACCCTG GTGGGAGGCC EP_70 - 2 4.15e-04 GAACAAAACC TCCTTTATCCTCCCT G EP_3 + 61 4.15e-04 ACAAAGAAAG TCATTTGTGTGTCAA GTTGAAAGTG EP_229 + 33 4.69e-04 GGCTTCCATC TCCCTTGTTGATGAA GTACAATCAA EP_227 + 79 4.69e-04 TGCACAATAG TTTTTTCTTCCTCTA AGGAAGT EP_222 - 46 4.69e-04 GCATGTCTAC TTCCTTGTCCTGTCA CTCGGCTGCA EP_164 + 21 4.69e-04 TGATTGCCCA TCTCTTCTTTTGTTG CCCACTCAAA EP_136 + 52 4.69e-04 ACCATGCTAA GCTATTGATTTGTCT GAAGGCCTAG EP_79 + 16 4.69e-04 CTCTGATGAC TTCTTTATTATGCTA AAAGTCAGTA EP_75 - 34 4.69e-04 TGTAATTACC TCTATTATCATTCTA ACTACTCTTA EP_34 + 36 4.69e-04 GCCTGAGTGT CCCTTTATCAGGGAA GAATTTTGTC EP_30 + 60 4.69e-04 ACTGAATGAC ACTTTTGTTCGTGAT TAACAGAGGT EP_254 + 27 5.29e-04 TTTCTAAATC TCCTCTGATTTGCAT TTAAATGAAC EP_215 - 40 5.29e-04 TAAATGCCTG TTCCTTGTCTTTTAA ATAAGTGAGC EP_198 - 21 5.29e-04 TGAGAATGTC TCTATTCCTATGCAA AAGGCAATGC EP_182 - 83 5.29e-04 AGC ACCATTGAGTTGGGA ACCAGTGTAC EP_167 - 83 5.29e-04 TTT GGCTTTGTGTGTTTG CCAGCTCTCT EP_14 - 14 5.29e-04 ACCCCTCAGA TGTATTGACTTTCAA ATCTCCAAGG EP_265 - 18 5.94e-04 TAATTTCAAT TCTATTGTGGTGATT TGAATAGGTA EP_258 + 54 5.94e-04 TCAGCTGGGG GCCATTGTTAGGAGC TAATCTACAT EP_235 + 68 5.94e-04 CTGCCTTGTT TCCCTTGAGTTTGGA TGCAGGGGGT EP_201 + 39 5.94e-04 GTTGAACATT TCCTCTCTGCTTAAG CATAACAATC EP_173 + 44 5.94e-04 TGTTATTGAG ATCTTTCTCCTTGAT TAAAACCATT EP_94 + 44 5.94e-04 GGGGATGTGG GTCTTTCATGTGTAA TTCAGAACAG EP_84 + 86 5.94e-04 ACAATGGTTG CCCTTTGTGAGAGTC EP_78 - 77 5.94e-04 TGCTGGGGC CGCTTTCTTCAGCGG AAGGAAATGA EP_37 + 58 5.94e-04 TACAATGGGT TTCTTTCTCTTACCT CGGCTGGGAG EP_2 + 22 5.94e-04 CTAAGCTCAC CCCTTTCTTTGAATA AAACACCTAT EP_95 - 37 6.65e-04 ATCCCCCATT ACCCTTCTCATTGAG AGGCGCATGG EP_25 - 61 6.65e-04 ACAAACTACT GCTATTCACTTGACA ATCGCTGCAT EP_11 - 39 6.65e-04 CATTTCCTCA TCTATTCTCTTAGTC CAGTATGCAG EP_272 + 29 7.43e-04 TAGCAGGCAT TCCATTCATGATGAG CCTTGCTTTG EP_264 - 2 7.43e-04 AGCCTGAGGT GCCTTTGCTGTGGAC T EP_122 + 66 7.43e-04 CTTCGCTTCG GCTTTTGTAAACCTA TTTCAGTGGG EP_92 - 57 7.43e-04 AATTTACATT GCTTTTGAAAAGCAA TCAAGGAGGA EP_65 - 73 7.43e-04 AGCCATGACA ACCATTCTCTCTGGA GCAGGTCCCC EP_29 + 79 7.43e-04 AACCTTCTTG TCCTTTCAGGATCCT ATGGATG EP_24 + 46 7.43e-04 GTTAAAAAGT CTCTTTGTTACTTAC CACCTTAGAC EP_251 - 63 8.28e-04 GCAGCTTGAC ACTTTTGAAATGCTA ATTGATGCGA EP_209 + 51 8.28e-04 ACAAGAATAG TGCATTCATCAGCCA GTTAGCACTT EP_146 + 30 8.28e-04 CTCCCAGGAG GCCTCTGTCAGGCAC AGCAGCAGTT EP_233 + 41 9.21e-04 CATCTTCACA ACCATTCTTGCTTCA CTCTGGGTCA EP_188 + 4 9.21e-04 CAT TTCTTTCACCTTGGC CTTGAGAAAT EP_128 - 18 9.21e-04 GCAGACTAAA GCCTTTGCCACTGAG GACCTCCCCA EP_83 + 50 9.21e-04 CCCTGATCAT TGTATTGTGCAGTTA ATTACCACCA EP_20 - 15 9.21e-04 TTAAGTACTT TTTATTGTTGTGTTG ATCTGTAGGC EP_242 + 27 1.02e-03 GGGCAAGACC CCCCTTCTTCGTCGG GTGAGCGCCC EP_202 + 56 1.02e-03 AACGCCCGCG TCATTTCTTTGGCTT GTTTGTGCTA EP_193 - 27 1.02e-03 TGCCTTCATC TCTATTCACTTAGAG AATCATCTGC EP_191 + 58 1.02e-03 CAACACTCCT TTTTTTGTTCAGTCC AGTTGCTGGT EP_170 - 36 1.02e-03 AATGAAAAAA GGCTTTCATCGGCAC TAATGAGCCA EP_152 + 43 1.02e-03 TCAATGACAT CTTATTGTTCTTTCT AAATCCGCAA EP_106 - 77 1.02e-03 CCTTTGTTG TCCATTGTGTCCATT GATGCAGTTA EP_93 + 3 1.02e-03 TC CTCATTGAGCTGGGA TAATGGGTCC EP_31 + 11 1.02e-03 CTGAGAATCT TCTATTATCAGGCAA GGAGTGTCTT EP_270 + 1 1.13e-03 . CCCATTCAGGTTTTC TGTCCTCATC EP_260 + 48 1.13e-03 CATTGTTTCA TTCTTTGTGGTGAGT GCTGTGTGAT EP_224 + 64 1.13e-03 CAGCTGGCAT CCTTTTGTTTCAGCT AGGTAGAATA EP_113 + 59 1.13e-03 AAGCGGTGTT TCCATTCTCACCAGG GAAGGCAGTT EP_68 + 15 1.13e-03 GCTTAGGAAA CCTCTTGTGATTGGG AAAGTCCATC EP_257 - 54 1.25e-03 CTTTGCATAA GTCTTTGCTTTTCAG CTAAAAAGTG EP_253 + 84 1.25e-03 GCAAAGCAAA ACCATTCACGTTCAC AC EP_247 + 24 1.25e-03 CGCGGCTCTG GCTTTTCTACGTTGG CTGGGGCGGT EP_234 + 79 1.25e-03 AGTGCTGATT AGCTTTGAAATGCAA ATAGTCC EP_158 - 16 1.25e-03 GGCCCGCTCT TCCTTTCAGCCCACG AGTGGTGTTT EP_36 + 18 1.25e-03 GTCATTAGCT TTCATTCACATGTGG TTGAATTCTT EP_32 - 5 1.25e-03 ACCCCTATCA CCCTTTCTAAGATAG GACA EP_213 - 61 1.37e-03 CAATTGCTGT AGCTTTGTACTTACA TACTTATTTA EP_210 + 49 1.37e-03 CTGTCTGAGC TTCATTCTAACGCTA ATGAAGTCCT EP_172 - 17 1.37e-03 GGACAATGTT AGCATTGAGATGCAG ACGCGAGGGG EP_62 - 14 1.37e-03 GAAGGAAGAA AGCTTTCTTCAGCCC AGCAGGGAGG EP_60 - 30 1.37e-03 CCGCCTACAT TCTTTTGACAACTCT ACCTCCGGGT EP_35 + 37 1.37e-03 TCTCATTCAT CCCATTATCTTTCGC TTGAGTAGCC EP_10 - 46 1.37e-03 ACCTTTGGCA TCCTGTGTATTTGAA TACAGCACTC EP_249 - 25 1.51e-03 ATTACAATCG GCTTTTATGCCTGCA ATGGAAAAAG EP_217 + 32 1.51e-03 AGGGATTGAT TCTATTGCTCTCCTG GCTTCCCTCT EP_133 + 9 1.51e-03 CCTAGATC TGCATTCAACTTCGA TTCTAGGAAC EP_76 - 37 1.51e-03 AGGACCTGGA TGTTTTCAGATTGTC TTGCTAATGG EP_42 - 78 1.51e-03 GAACTATT TGTTTTCTGGTCCAC ATTGCTCCAG EP_18 - 36 1.51e-03 CAAAAGGAGA TCTTTTCTAAATGGC TACAATTCTA EP_148 + 7 1.65e-03 ACTGCT AGTTTTGTTTTGAAT GACTATGTTA EP_104 - 67 1.65e-03 ACAGAGAAGT CTCTTTGTTTCCACA TCAAGGACTG EP_98 + 22 1.65e-03 CTCTTCAGTC CCTTTTGTTTGAAAT AGGACCTCAC EP_87 - 11 1.65e-03 CTGATGGTAC TGCTTTCTGTCAGCG AGCAAAGACA EP_52 - 58 1.65e-03 GCTTAAGTAG CCTACTGTCCTTCTT AACTGCCCAT EP_15 - 75 1.65e-03 CCTAATCAAG CCCATTGTGCAAAAT CCCCAATCCA EP_9 - 26 1.65e-03 CAGGATATTT GGTATTGTCATCTCT ATGGCCCATT EP_266 + 56 1.81e-03 GTTCACACTT GCCCTTCATTATTTA GTCAACCTCT EP_236 + 33 1.81e-03 CAAACCAAAG CTCTTTCTGTTATGG GTGCTCAGCC EP_150 + 80 1.81e-03 CAGCAGCAAG TGCTTTGAATAGTTA GACAAA EP_241 + 64 1.97e-03 CTAGGTGCCT GCTTCTGAGCTGGTG GTGGCGCTTC EP_199 - 79 1.97e-03 ATCCCCA GCTATTCAATTGGTT TGATTGAAGA EP_185 + 51 1.97e-03 TTTGATTGTT CTTTTTATTCTGGCA GGATGAGAGT EP_89 - 6 1.97e-03 TCCCCTCCAG GGCTCTCTCCTGGCT TTTCA EP_200 - 10 2.15e-03 AATTCAATTT GCATTTCTTTGACTA GAACTTGGG EP_190 + 44 2.15e-03 GCCGTTTACT CTCTTTCTCCCCTCT CAGCCGGGGG EP_177 - 43 2.15e-03 CAGAAGTGTA GCTATTCAATTGTTT CAGCATCACT EP_162 - 78 2.15e-03 GTCTGCTC TTCTTTCATGAGCAC AATTGCCTGT EP_144 - 42 2.15e-03 GAACTGGCAA ATCATTGTCCAGTGA CCGGGAGGAA EP_250 - 23 2.34e-03 CTCTCATTCA TGCACTGACCTTGAA GCGCTCTAGG EP_178 - 75 2.34e-03 TCTCCGGATG ACCCTTCTGAATGAG ATAGGAAATG EP_97 - 2 2.34e-03 TCAATGAGGC ACTATTATTATTCCG T EP_91 + 63 2.34e-03 TCCTTCTACC TTCTTTGTATCAGTA ATCCCCGATT EP_88 - 20 2.34e-03 ACAAGTAAAC GCTTTTCCTTCTTCA CCCACTCACT EP_49 - 53 2.34e-03 GATAGATGTC CCATTTCTGTTAGGA GGGTGGTGTG EP_194 + 67 2.54e-03 CCTGCTGGGT TCCATTCAACCTGGT AAATACAGTT EP_109 + 35 2.54e-03 CTAGTACTTC CCCTTTATAGTTCTC CCCACAACGA EP_108 - 3 2.54e-03 GAAGGTAAAC TGTTTTGATTGTTCC TA EP_4 + 56 2.54e-03 GGGAATTGTT GTTATTCTAATGTTG ATTGAACTTT EP_197 - 82 2.75e-03 TAGT AGCTTTCTTTAACAG GACATGATAT EP_179 + 45 2.75e-03 TATCTAAACT GCTCTTCTGCTAACA GTACTTCTAG EP_101 - 79 2.75e-03 AGGCTGA GCTATTGCCCCTTCA AGGGGAATTT EP_57 + 79 2.98e-03 TCAAATTCCT TCCTGTCTTTAGCTC CTGCACA EP_48 + 3 2.98e-03 AT GTTATTCACCTCTCA TGCAGAGTAC EP_123 + 32 3.22e-03 GTTGAGAAAG CCCATTATTAGGAAC TGGGGCTCGG EP_121 + 26 3.22e-03 AATTGCAGCA TCCTTTAACAGTAAT TGAGACGGAT EP_243 + 31 3.47e-03 GCGTGGTGGG TGCTGTGTGCTTCTC GGGCTGTGTG EP_99 + 81 3.47e-03 CACAGAGCAA TCAATTCTTAATTGT TCGTA EP_240 + 43 3.74e-03 GCCATCCTGG CCCATTCAAGGGTTG AGTACTTGTT EP_157 - 81 3.74e-03 TCTGG GCTTTTCAGTGATCT GTTTACGGAA EP_171 + 64 4.02e-03 CAATCAGTTC CCCACTGTTTCCCCT GAGGCTGGAC EP_5 - 83 4.02e-03 AGG GCCCTTGAGCCCTAT TTGGCTCACC EP_232 - 33 4.62e-03 TGTGGTGAGG TCTTTTCATGGAAGA TCATCTTCAG EP_96 + 30 4.62e-03 CTACCAACAA TTATTTCTGTTAGAG CCAGTTTCCT EP_90 - 9 4.62e-03 AAACCTCGCA TCAATTCTCAGCTGG TGGCACAG EP_273 - 42 4.94e-03 CCCTTTTAAG TCCACTGTAAATTCC TTCGCAGCAG EP_246 + 77 4.94e-03 GCTCTCCCCG TCTTGTGTGTGTCCT CGCCGGGAG EP_44 - 24 4.94e-03 GACTTTTATT GCTTCTCCGATGGAA ATCTGCATCC EP_105 + 50 5.28e-03 CTGTGGGAAC AGCTCTCTCCCTGAA CCCTGATTCA EP_135 - 75 6.01e-03 TATTTCCTGG GCAATTCTAAATTGA TAGCCCCTCA EP_45 - 29 6.40e-03 GCGGGGGTGT CCTTTTCCTGCTACA ATGTTCTGCT EP_205 + 64 6.80e-03 TCACTCCCAC CGCCTTGAGCTACCT GCACTATCAA EP_160 + 5 6.80e-03 AACT GCAATTAACTTTTAA ATGGGATTGA EP_153 + 27 7.66e-03 TTAGAAATTT GCATCTCTTAGGCCC ACCGACCCGA EP_141 - 37 8.12e-03 GTGGTCTATC CGCCTTCTCTAAGCG CTCCTGCTGT EP_212 + 22 1.12e-02 CTTACTGATG GCCTTGCTTAAAGAC TTGGCAAGAA EP_244 + 17 1.36e-02 GGGCTCGTCC GGCCCTGTCGTCCTT CGGGAAGGCG EP_245 - 68 1.43e-02 GCGGGGGCGA GCCCTGGATAGGCCA CCCGTCGGAG -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 block diagrams 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-------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 1 width=15 seqs=273 EP_155 ( 22) GCCTTTGTTCTGCAA 1 EP_263 ( 37) TCCTTTGTTGTGCAA 1 EP_103 ( 51) TCCTTTCTCATGTAA 1 EP_61 ( 37) TCCTTTGTCATTTTA 1 EP_237 ( 77) GCCTTTGTTATGTTA 1 EP_156 ( 17) CCCATTGTCCTGCAA 1 EP_139 ( 6) TCCTTTGTTCTCCAG 1 EP_86 ( 50) TCCTTTCTTATGGGA 1 EP_216 ( 23) CCCTTTCTTTTGTAA 1 EP_184 ( 28) TCTTTTGTTATTTAA 1 EP_203 ( 34) CCCTTTGTCATTGAG 1 EP_22 ( 53) TCCTTTCTCCTTTTG 1 EP_130 ( 36) TCCTTTGTTCTGATG 1 EP_125 ( 33) TCCATTGTCCTTGTG 1 EP_102 ( 54) TCCTTTGTCATGAGA 1 EP_33 ( 46) TCTTTTGTTATTCAT 1 EP_145 ( 71) TCTATTCTTATGCAA 1 EP_124 ( 53) TCCATTGTGCTGTGA 1 EP_85 ( 1) GCCTTTCTTTTCCTA 1 EP_255 ( 17) TCTTTTGTTGTTGAA 1 EP_180 ( 47) CCTTTTGTTATTTTA 1 EP_17 ( 7) TCCATTGTCATTATA 1 EP_239 ( 31) ACCTTTGTTATGCAT 1 EP_225 ( 11) TCCTTTCAGCTGTTA 1 EP_81 ( 29) CCCATTGTGATTTCA 1 EP_56 ( 49) GCCTTTGTTCTCTAT 1 EP_267 ( 41) GCCTTTCATCTTTTA 1 EP_192 ( 67) GCCATTGTTCTTGCC 1 EP_189 ( 54) TCCTTTGTGGTTGAC 1 EP_149 ( 41) CCCTTTGTCTTTTCC 1 EP_71 ( 29) GCCATTGTTATTGCT 1 EP_218 ( 2) GCTTTTGATCTGCTA 1 EP_187 ( 28) TCCTTTCTCTCTTTA 1 EP_159 ( 56) TCCTTTGTGAAGCAC 1 EP_127 ( 44) TCCTTTGTATTGCTT 1 EP_58 ( 64) TCTTTTGTTGTGCAT 1 EP_1 ( 26) TCTTTTCATATTCAA 1 EP_208 ( 75) TCCATTGTCCCTTTA 1 EP_53 ( 20) ACCATTGTTATTGCA 1 EP_269 ( 31) TTCTTTGTCTTTGAG 1 EP_214 ( 67) CCCTTTGTCGATCAA 1 EP_176 ( 1) GCCTTTCTGGTGGAT 1 EP_163 ( 51) TTCATTGTTATTCTA 1 EP_117 ( 8) GTCTTTGTCATGTCA 1 EP_116 ( 53) TCTTTTCTCCGGGCA 1 EP_13 ( 7) CCCATTGTCTGGGAA 1 EP_12 ( 67) TCTATTGTTCCTCAA 1 EP_211 ( 65) TCTTTTGTCTTGAAT 1 EP_129 ( 67) CCCTTTCTTTGTCTG 1 EP_74 ( 22) GGCTTTGTCCTTCAC 1 EP_21 ( 16) CTCTTTGTTTTTTAA 1 EP_248 ( 27) TCTTTTCATTTGTTA 1 EP_207 ( 35) GCCATTGTGAAGGCA 1 EP_142 ( 14) GCCTTTGTGTAGCTT 1 EP_59 ( 74) GCTTTTCAGATGCAA 1 EP_137 ( 60) GTCTTTGTCATCCAA 1 EP_168 ( 60) TGCTTTGTTGTGGGA 1 EP_151 ( 86) TCCTTTGTCAGAGAG 1 EP_111 ( 47) TCCTCTGTCCTTTCA 1 EP_228 ( 18) ACCATTGTTCTGGCC 1 EP_223 ( 69) CCCATTGTCACTGAG 1 EP_169 ( 42) TGCATTGTTATTTCG 1 EP_126 ( 1) GCATTTGTTATTCTA 1 EP_100 ( 35) TCCTTTCTGAAGAAG 1 EP_50 ( 84) TCCTTTGTGTAATAA 1 EP_40 ( 66) GCCATTCTCTATGCA 1 EP_261 ( 11) GGCATTGTCTTGCTG 1 EP_226 ( 8) CCTTTTCACATTTAA 1 EP_165 ( 45) TGTTTTCTTTTGTTA 1 EP_154 ( 79) TCTTTTCTTCTCTCC 1 EP_138 ( 36) TCCTTTATTATGCTT 1 EP_16 ( 4) TCCTTTCTCAGCCTT 1 EP_7 ( 73) GCTTTTGTGTTGAAT 1 EP_252 ( 84) CCCTTTGTCTGGATG 1 EP_219 ( 73) ACTATTGTCATGCAG 1 EP_166 ( 30) GCTTTTGTGTTTTGT 1 EP_132 ( 28) GCTTTTCTTTTCCCT 1 EP_72 ( 52) TCCTTTCAGCTCTGA 1 EP_67 ( 23) TGTTTTGTTATTCCT 1 EP_64 ( 42) TCCTTTGTGACACTG 1 EP_46 ( 15) CCTTTTCTTCTCAAA 1 EP_268 ( 37) TGTTTTCTTTTTCTG 1 EP_231 ( 23) CCCATTGTCTATGGA 1 EP_220 ( 31) TGCATTGTAATTCAA 1 EP_140 ( 22) CCCATTGTTTTCTGG 1 EP_115 ( 82) TCCTTTGTGGTAACA 1 EP_110 ( 4) TCCTTTGTCCCGAGT 1 EP_77 ( 1) TCATTTGTTCTTTTG 1 EP_73 ( 61) GCTTTTGTCCGGGCC 1 EP_54 ( 50) TGCTTTGTGTGTGTA 1 EP_206 ( 20) CCTTTTCTTTTCTCG 1 EP_204 ( 50) TTCTTTGTCTCTGCA 1 EP_196 ( 72) GCCTTTGTTCAATTG 1 EP_161 ( 34) ACCTTTGTCACTGTG 1 EP_119 ( 76) ACTTTTCTGCTTCAT 1 EP_66 ( 71) CTCTTTGTTAAGGAA 1 EP_51 ( 36) GTCATTGTTATGTTG 1 EP_38 ( 23) CCCATTCTCCAGTGA 1 EP_27 ( 20) TCCTTTCATGGGCAG 1 EP_19 ( 21) TCCTTTCATTAGAAA 1 EP_230 ( 84) ACTTTTGTCTTTGTT 1 EP_80 ( 80) CCTTTTGTTAAGATA 1 EP_47 ( 29) CCCTTTGTTTCACCG 1 EP_39 ( 63) GCTTTTGTCTTACCC 1 EP_271 ( 38) TCCATTGTTGGCTTA 1 EP_262 ( 43) TCCTTTCTTGTCATT 1 EP_259 ( 59) CCTATTGTGATTAAG 1 EP_221 ( 35) CCCTTTCTCAGCTTG 1 EP_183 ( 83) GCCTTTCTTCTCAGC 1 EP_147 ( 49) GCCTTTGAGTGGCCT 1 EP_118 ( 55) CCTTTTGTGGAGGAA 1 EP_112 ( 54) GCCTTTGTTCAAACA 1 EP_107 ( 60) GCTTTTCAGATGAAA 1 EP_69 ( 75) ACCTTTCTCCTAGGA 1 EP_41 ( 56) TGTATTCTGATGGAA 1 EP_26 ( 30) TCTATTGTTTATTTG 1 EP_8 ( 40) ACTATTGTGTTGTTA 1 EP_6 ( 64) GCTTTTGACTTCTCA 1 EP_195 ( 63) GTCATTGTTCTGAAG 1 EP_181 ( 38) GGCTTTGTCCTCTTT 1 EP_134 ( 30) GGCTTTCATATGTAG 1 EP_55 ( 37) TCCTTTCAGTGTCTT 1 EP_43 ( 62) CTCTTTGATATGGAG 1 EP_23 ( 24) TCCTTTCCTTTGTTG 1 EP_175 ( 79) GCCTTTATCCAGGAA 1 EP_143 ( 11) TCTTTTGATCCGCTC 1 EP_63 ( 83) CCCATTGTCTCTTTC 1 EP_28 ( 38) CCCTTTCATCCTTGA 1 EP_256 ( 51) TCCTTTCAGGTCCAC 1 EP_238 ( 38) CTTATTGTCATTCTA 1 EP_186 ( 41) TGCATTCAGATGTAA 1 EP_174 ( 72) TCAATTGTCATTTAG 1 EP_131 ( 19) CCTTTTGTAAATCTA 1 EP_120 ( 64) TCTATTGTACTCGAG 1 EP_114 ( 73) GCCATTGTAATCCTC 1 EP_82 ( 28) CCCATTGTGACCCTG 1 EP_70 ( 2) TCCTTTATCCTCCCT 1 EP_3 ( 61) TCATTTGTGTGTCAA 1 EP_229 ( 33) TCCCTTGTTGATGAA 1 EP_227 ( 79) TTTTTTCTTCCTCTA 1 EP_222 ( 46) TTCCTTGTCCTGTCA 1 EP_164 ( 21) TCTCTTCTTTTGTTG 1 EP_136 ( 52) GCTATTGATTTGTCT 1 EP_79 ( 16) TTCTTTATTATGCTA 1 EP_75 ( 34) TCTATTATCATTCTA 1 EP_34 ( 36) CCCTTTATCAGGGAA 1 EP_30 ( 60) ACTTTTGTTCGTGAT 1 EP_254 ( 27) TCCTCTGATTTGCAT 1 EP_215 ( 40) TTCCTTGTCTTTTAA 1 EP_198 ( 21) TCTATTCCTATGCAA 1 EP_182 ( 83) ACCATTGAGTTGGGA 1 EP_167 ( 83) GGCTTTGTGTGTTTG 1 EP_14 ( 14) TGTATTGACTTTCAA 1 EP_265 ( 18) TCTATTGTGGTGATT 1 EP_258 ( 54) GCCATTGTTAGGAGC 1 EP_235 ( 68) TCCCTTGAGTTTGGA 1 EP_201 ( 39) TCCTCTCTGCTTAAG 1 EP_173 ( 44) ATCTTTCTCCTTGAT 1 EP_94 ( 44) GTCTTTCATGTGTAA 1 EP_84 ( 86) CCCTTTGTGAGAGTC 1 EP_78 ( 77) CGCTTTCTTCAGCGG 1 EP_37 ( 58) TTCTTTCTCTTACCT 1 EP_2 ( 22) CCCTTTCTTTGAATA 1 EP_95 ( 37) ACCCTTCTCATTGAG 1 EP_25 ( 61) GCTATTCACTTGACA 1 EP_11 ( 39) TCTATTCTCTTAGTC 1 EP_272 ( 29) TCCATTCATGATGAG 1 EP_264 ( 2) GCCTTTGCTGTGGAC 1 EP_122 ( 66) GCTTTTGTAAACCTA 1 EP_92 ( 57) GCTTTTGAAAAGCAA 1 EP_65 ( 73) ACCATTCTCTCTGGA 1 EP_29 ( 79) TCCTTTCAGGATCCT 1 EP_24 ( 46) CTCTTTGTTACTTAC 1 EP_251 ( 63) ACTTTTGAAATGCTA 1 EP_209 ( 51) TGCATTCATCAGCCA 1 EP_146 ( 30) GCCTCTGTCAGGCAC 1 EP_233 ( 41) ACCATTCTTGCTTCA 1 EP_188 ( 4) TTCTTTCACCTTGGC 1 EP_128 ( 18) GCCTTTGCCACTGAG 1 EP_83 ( 50) TGTATTGTGCAGTTA 1 EP_20 ( 15) TTTATTGTTGTGTTG 1 EP_242 ( 27) CCCCTTCTTCGTCGG 1 EP_202 ( 56) TCATTTCTTTGGCTT 1 EP_193 ( 27) TCTATTCACTTAGAG 1 EP_191 ( 58) TTTTTTGTTCAGTCC 1 EP_170 ( 36) GGCTTTCATCGGCAC 1 EP_152 ( 43) CTTATTGTTCTTTCT 1 EP_106 ( 77) TCCATTGTGTCCATT 1 EP_93 ( 3) CTCATTGAGCTGGGA 1 EP_31 ( 11) TCTATTATCAGGCAA 1 EP_270 ( 1) CCCATTCAGGTTTTC 1 EP_260 ( 48) TTCTTTGTGGTGAGT 1 EP_224 ( 64) CCTTTTGTTTCAGCT 1 EP_113 ( 59) TCCATTCTCACCAGG 1 EP_68 ( 15) CCTCTTGTGATTGGG 1 EP_257 ( 54) GTCTTTGCTTTTCAG 1 EP_253 ( 84) ACCATTCACGTTCAC 1 EP_247 ( 24) GCTTTTCTACGTTGG 1 EP_234 ( 79) AGCTTTGAAATGCAA 1 EP_158 ( 16) TCCTTTCAGCCCACG 1 EP_36 ( 18) TTCATTCACATGTGG 1 EP_32 ( 5) CCCTTTCTAAGATAG 1 EP_213 ( 61) AGCTTTGTACTTACA 1 EP_210 ( 49) TTCATTCTAACGCTA 1 EP_172 ( 17) AGCATTGAGATGCAG 1 EP_62 ( 14) AGCTTTCTTCAGCCC 1 EP_60 ( 30) TCTTTTGACAACTCT 1 EP_35 ( 37) CCCATTATCTTTCGC 1 EP_10 ( 46) TCCTGTGTATTTGAA 1 EP_249 ( 25) GCTTTTATGCCTGCA 1 EP_217 ( 32) TCTATTGCTCTCCTG 1 EP_133 ( 9) TGCATTCAACTTCGA 1 EP_76 ( 37) TGTTTTCAGATTGTC 1 EP_42 ( 78) TGTTTTCTGGTCCAC 1 EP_18 ( 36) TCTTTTCTAAATGGC 1 EP_148 ( 7) AGTTTTGTTTTGAAT 1 EP_104 ( 67) CTCTTTGTTTCCACA 1 EP_98 ( 22) CCTTTTGTTTGAAAT 1 EP_87 ( 11) TGCTTTCTGTCAGCG 1 EP_52 ( 58) CCTACTGTCCTTCTT 1 EP_15 ( 75) CCCATTGTGCAAAAT 1 EP_9 ( 26) GGTATTGTCATCTCT 1 EP_266 ( 56) GCCCTTCATTATTTA 1 EP_236 ( 33) CTCTTTCTGTTATGG 1 EP_150 ( 80) TGCTTTGAATAGTTA 1 EP_241 ( 64) GCTTCTGAGCTGGTG 1 EP_199 ( 79) GCTATTCAATTGGTT 1 EP_185 ( 51) CTTTTTATTCTGGCA 1 EP_89 ( 6) GGCTCTCTCCTGGCT 1 EP_200 ( 10) GCATTTCTTTGACTA 1 EP_190 ( 44) CTCTTTCTCCCCTCT 1 EP_177 ( 43) GCTATTCAATTGTTT 1 EP_162 ( 78) TTCTTTCATGAGCAC 1 EP_144 ( 42) ATCATTGTCCAGTGA 1 EP_250 ( 23) TGCACTGACCTTGAA 1 EP_178 ( 75) ACCCTTCTGAATGAG 1 EP_97 ( 2) ACTATTATTATTCCG 1 EP_91 ( 63) TTCTTTGTATCAGTA 1 EP_88 ( 20) GCTTTTCCTTCTTCA 1 EP_49 ( 53) CCATTTCTGTTAGGA 1 EP_194 ( 67) TCCATTCAACCTGGT 1 EP_109 ( 35) CCCTTTATAGTTCTC 1 EP_108 ( 3) TGTTTTGATTGTTCC 1 EP_4 ( 56) GTTATTCTAATGTTG 1 EP_197 ( 82) AGCTTTCTTTAACAG 1 EP_179 ( 45) GCTCTTCTGCTAACA 1 EP_101 ( 79) GCTATTGCCCCTTCA 1 EP_57 ( 79) TCCTGTCTTTAGCTC 1 EP_48 ( 3) GTTATTCACCTCTCA 1 EP_123 ( 32) CCCATTATTAGGAAC 1 EP_121 ( 26) TCCTTTAACAGTAAT 1 EP_243 ( 31) TGCTGTGTGCTTCTC 1 EP_99 ( 81) TCAATTCTTAATTGT 1 EP_240 ( 43) CCCATTCAAGGGTTG 1 EP_157 ( 81) GCTTTTCAGTGATCT 1 EP_171 ( 64) CCCACTGTTTCCCCT 1 EP_5 ( 83) GCCCTTGAGCCCTAT 1 EP_232 ( 33) TCTTTTCATGGAAGA 1 EP_96 ( 30) TTATTTCTGTTAGAG 1 EP_90 ( 9) TCAATTCTCAGCTGG 1 EP_273 ( 42) TCCACTGTAAATTCC 1 EP_246 ( 77) TCTTGTGTGTGTCCT 1 EP_44 ( 24) GCTTCTCCGATGGAA 1 EP_105 ( 50) AGCTCTCTCCCTGAA 1 EP_135 ( 75) GCAATTCTAAATTGA 1 EP_45 ( 29) CCTTTTCCTGCTACA 1 EP_205 ( 64) CGCCTTGAGCTACCT 1 EP_160 ( 5) GCAATTAACTTTTAA 1 EP_153 ( 27) GCATCTCTTAGGCCC 1 EP_141 ( 37) CGCCTTCTCTAAGCG 1 EP_212 ( 22) GCCTTGCTTAAAGAC 1 EP_244 ( 17) GGCCCTGTCGTCCTT 1 EP_245 ( 68) GCCCTGGATAGGCCA 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 23478 bayes= 6.40939 E= 3.1e-049 -148 -7 20 65 -1474 168 -65 -99 -254 149 -1474 22 21 -193 -1474 117 -1474 -213 -393 176 -1474 -1474 -493 185 -233 82 130 -1474 -26 -261 -1474 141 -154 39 0 49 22 28 -98 8 -81 -80 -65 105 -128 -72 74 45 -103 51 15 10 33 0 -72 8 62 -65 7 -48 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 273 E= 3.1e-049 0.098901 0.212454 0.256410 0.432234 0.000000 0.717949 0.142857 0.139194 0.047619 0.630037 0.000000 0.322344 0.318681 0.058608 0.000000 0.622711 0.000000 0.051282 0.014652 0.934066 0.000000 0.000000 0.007326 0.992674 0.054945 0.395604 0.549451 0.000000 0.230769 0.036630 0.000000 0.732601 0.095238 0.293040 0.223443 0.388278 0.322344 0.271062 0.113553 0.293040 0.157509 0.128205 0.142857 0.571429 0.113553 0.135531 0.373626 0.377289 0.135531 0.318681 0.249084 0.296703 0.347985 0.223443 0.135531 0.293040 0.424908 0.142857 0.234432 0.197802 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- [TGC]C[CT][TA]TT[GC][TA][TCG][ATC]T[TG][CTG][ATC][AG] -------------------------------------------------------------------------------- Time 354.26 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 2 width = 11 sites = 32 llr = 331 E-value = 8.5e-007 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A 15:91:9::54 pos.-specific C 72a:19::::: probability G 2:::811aa36 matrix T :3:1:::::2: bits 2.2 * ** 1.9 * ** 1.7 * ** 1.5 ** **** Relative 1.3 ******* Entropy 1.1 ******* (14.9 bits) 0.9 * ******* * 0.6 * ******* * 0.4 ********* * 0.2 *********** 0.0 ----------- Multilevel CACAGCAGGAG consensus T GA sequence C T -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- ----------- EP_230 - 17 1.64e-07 CTTAGTAATG CACAGCAGGAG TCAATGCCCC EP_141 + 26 1.64e-07 TAACTGACCC CACAGCAGGAG CGCTTAGAGA EP_122 - 32 6.64e-07 TTAAATACCT CACAGCAGGAA CACTATTATA EP_57 + 32 6.64e-07 AATCTGAAGA CACAGCAGGAA GACCTCTCAG EP_118 - 29 9.61e-07 TGCTCAGCTG CACAGCAGGTG AGCAGCTATT EP_189 + 38 1.26e-06 TAGTTATTCC CACAGCAGGGA AGACTGTCAA EP_55 - 5 1.26e-06 AGTTTAGCAT CACAGCAGGGA TTTA EP_80 + 13 2.26e-06 TGTCTCTGCT CTCAGCAGGTG ATCCACAGAG EP_270 - 73 3.40e-06 GCCGGACCAG GACAGCAGGAA GGACACTCCT EP_40 + 53 3.40e-06 CAGGAGATAG CTCAGCAGGTA AAGCCATTCT EP_19 + 54 3.40e-06 TCACACTCAG CTCAGCAGGTA AACACTGACA EP_21 + 38 3.69e-06 TAATTAAGCT CCCAGCAGGTA CAGAGAAGAG EP_156 + 58 4.43e-06 CATTGTATAA GCCAGCAGGGG AGAGTTCCTA EP_85 + 29 4.43e-06 ATCTACATGA GCCAGCAGGGG GTTCATTGAA EP_27 + 86 5.10e-06 ATCACACTGG CACAGCAGGCG GCAA EP_232 + 54 7.66e-06 AAGACCTCAC CACAGGAGGAA TGCTCTGCTG EP_194 - 2 8.54e-06 TCCCGCTTGT CTCAACAGGAG A EP_53 - 50 8.54e-06 GGCACAGTTA AACAGCAGGGG AGGAGTTCAG EP_200 - 47 9.47e-06 TTCTGTACCA CCCAACAGGAG ATATCCCATC EP_195 + 34 9.47e-06 TTAGTCAAAA CACAGCGGGAA GAAACTCGGT EP_69 + 31 1.24e-05 ACTGGGTTTT CACTGCAGGAA ATGGGCAATC EP_94 - 72 1.36e-05 TGAAGAGCTG CACACCAGGTG TCCCTGTTCT EP_45 - 47 1.48e-05 CCCAGGACAT CCCAGCGGGGG TGTCCTTTTC EP_225 + 69 1.79e-05 AAAGAAAAGG GACAGGAGGAG AGGAGGAGGA EP_171 + 87 1.79e-05 CTGAGGCTGG ACCAGCAGGGG AGT EP_163 - 75 1.95e-05 GTTATCCAAT CTCACCAGGAA CCCATTCTGT EP_123 - 17 1.95e-05 AATGGGCTTT CTCAACAGGTG TTCATTGTAC EP_190 - 22 2.14e-05 GTAAACGGCT CCCAGCAGGGC GCTGATTTCA EP_39 + 33 2.33e-05 TGATTAGCAA TACAGCAGGAA GGTGGCTGCT EP_121 - 82 2.84e-05 TTTGCAGT GTCAGGAGGAG GCTCAAGGTT EP_34 - 13 3.17e-05 ACTCAGGCTA CTCAGTAGGGG AGCCTGTGCT EP_1 + 53 3.56e-05 TTTTGTAAAA GTCTGCAGGAG CTGATTTAAG -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- EP_230 1.6e-07 16_[-2]_73 EP_141 1.6e-07 25_[+2]_64 EP_122 6.6e-07 31_[-2]_58 EP_57 6.6e-07 31_[+2]_58 EP_118 9.6e-07 28_[-2]_61 EP_189 1.3e-06 37_[+2]_52 EP_55 1.3e-06 4_[-2]_85 EP_80 2.3e-06 12_[+2]_77 EP_270 3.4e-06 72_[-2]_17 EP_40 3.4e-06 52_[+2]_37 EP_19 3.4e-06 53_[+2]_36 EP_21 3.7e-06 37_[+2]_52 EP_156 4.4e-06 57_[+2]_32 EP_85 4.4e-06 28_[+2]_61 EP_27 5.1e-06 85_[+2]_4 EP_232 7.7e-06 53_[+2]_36 EP_194 8.5e-06 1_[-2]_88 EP_53 8.5e-06 49_[-2]_40 EP_200 9.5e-06 46_[-2]_43 EP_195 9.5e-06 33_[+2]_56 EP_69 1.2e-05 30_[+2]_59 EP_94 1.4e-05 71_[-2]_18 EP_45 1.5e-05 46_[-2]_43 EP_225 1.8e-05 68_[+2]_21 EP_171 1.8e-05 86_[+2]_3 EP_163 1.9e-05 74_[-2]_15 EP_123 1.9e-05 16_[-2]_73 EP_190 2.1e-05 21_[-2]_68 EP_39 2.3e-05 32_[+2]_57 EP_121 2.8e-05 81_[-2]_8 EP_34 3.2e-05 12_[-2]_77 EP_1 3.6e-05 52_[+2]_37 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 2 width=11 seqs=32 EP_230 ( 17) CACAGCAGGAG 1 EP_141 ( 26) CACAGCAGGAG 1 EP_122 ( 32) CACAGCAGGAA 1 EP_57 ( 32) CACAGCAGGAA 1 EP_118 ( 29) CACAGCAGGTG 1 EP_189 ( 38) CACAGCAGGGA 1 EP_55 ( 5) CACAGCAGGGA 1 EP_80 ( 13) CTCAGCAGGTG 1 EP_270 ( 73) GACAGCAGGAA 1 EP_40 ( 53) CTCAGCAGGTA 1 EP_19 ( 54) CTCAGCAGGTA 1 EP_21 ( 38) CCCAGCAGGTA 1 EP_156 ( 58) GCCAGCAGGGG 1 EP_85 ( 29) GCCAGCAGGGG 1 EP_27 ( 86) CACAGCAGGCG 1 EP_232 ( 54) CACAGGAGGAA 1 EP_194 ( 2) CTCAACAGGAG 1 EP_53 ( 50) AACAGCAGGGG 1 EP_200 ( 47) CCCAACAGGAG 1 EP_195 ( 34) CACAGCGGGAA 1 EP_69 ( 31) CACTGCAGGAA 1 EP_94 ( 72) CACACCAGGTG 1 EP_45 ( 47) CCCAGCGGGGG 1 EP_225 ( 69) GACAGGAGGAG 1 EP_171 ( 87) ACCAGCAGGGG 1 EP_163 ( 75) CTCACCAGGAA 1 EP_123 ( 17) CTCAACAGGTG 1 EP_190 ( 22) CCCAGCAGGGC 1 EP_39 ( 33) TACAGCAGGAA 1 EP_121 ( 82) GTCAGGAGGAG 1 EP_34 ( 13) CTCAGTAGGGG 1 EP_1 ( 53) GTCTGCAGGAG 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 11 n= 24570 bayes= 10.9058 E= 8.5e-007 -214 168 -25 -314 86 -3 -1164 3 -1164 216 -1164 -1164 176 -1164 -1164 -214 -156 -184 191 -1164 -1164 197 -125 -314 176 -1164 -184 -1164 -1164 -1164 216 -1164 -1164 -1164 216 -1164 76 -284 33 -34 56 -284 133 -1164 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 32 E= 8.5e-007 0.062500 0.718750 0.187500 0.031250 0.500000 0.218750 0.000000 0.281250 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.937500 0.000000 0.000000 0.062500 0.093750 0.062500 0.843750 0.000000 0.000000 0.875000 0.093750 0.031250 0.937500 0.000000 0.062500 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.468750 0.031250 0.281250 0.218750 0.406250 0.031250 0.562500 0.000000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- C[ATC]CAGCAGG[AGT][GA] -------------------------------------------------------------------------------- Time 617.58 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 3 width = 15 sites = 21 llr = 252 E-value = 5.7e-002 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A ::8::1986:::77a pos.-specific C 5622:5:::::a:3: probability G 2:::::12::8:::: matrix T 24:8a3::392:3:: bits 2.2 1.9 * * 1.7 * * 1.5 * * * Relative 1.3 *** ** *** * Entropy 1.1 *** ** *** ** (17.3 bits) 0.9 **** ** ****** 0.6 ***** ** ****** 0.4 *************** 0.2 *************** 0.0 --------------- Multilevel CCATTCAAATGCAAA consensus GT T T TC sequence T -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- --------------- EP_196 - 19 3.07e-08 TGCTGAACGA CTATTTAAATGCAAA TCCTACGGTT EP_67 - 85 6.65e-08 T CTCTTCAAATGCAAA TGTGTCTAAG EP_101 + 57 9.10e-08 TGACGAGCCC CTATTAAAATGCAAA TTCCCCTTGA EP_203 + 83 1.43e-07 ATTGTTGGCA GCATTTAAATGCACA TTT EP_187 - 74 1.43e-07 TTTGAATTTT TCCTTCAAATGCAAA TAAAGGCACT EP_183 + 8 2.04e-07 AGCTTTA CCATTCAGTTGCACA ACCAAGTGGG EP_260 - 76 7.10e-07 AGAACAATAG TTATTCAGATGCTAA GCGATCACAC EP_181 + 1 7.10e-07 . GTATTCAACTGCAAA GTTGAGCTAT EP_209 - 67 8.64e-07 CGGGAGTGTG GCATTCAAGTGCTAA CTGGCTGATG EP_216 + 74 1.03e-06 CCCGGCTCAA CAACTCAAATGCAAA AGAGAGCAAT EP_30 - 44 1.79e-06 AACAAAAGTG TCATTCAGTTTCAAA ATGGACAAAA EP_150 + 23 1.94e-06 AATCTAAATG CCATTTGATTTCAAA GCCACTAATC EP_49 - 78 1.94e-06 TGCTGATT TCATTTAGATGCTCA GATAGATGTC EP_152 - 25 2.09e-06 CAATAAGATG TCATTGAATTGCACA TATGATTGAT EP_147 + 32 2.26e-06 ATGAAAGAAT CCACTCAAAGGCACA GCAGGCCACT EP_77 + 40 2.45e-06 CCAGCACTTA CTATACAATTGCTAA GTACCTACTA EP_119 + 16 3.64e-06 TTACCTGGAG CCCTTTGAATTCAAA CAAAGAAAGT EP_72 - 85 3.64e-06 C GTACTAAATTGCTAA TAGCTTCCCC EP_266 + 30 4.84e-06 GCCTACAAAA GTCTTTGAATGCTAA TGTTCACACT EP_80 - 52 4.84e-06 TGGCTTTGTT CCATTAAATAGCACA AAGAATGGGC EP_75 - 54 9.92e-06 AGCTAGATTA CCACTCAAATTGTAA TTACCTCTAT -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- EP_196 3.1e-08 18_[-3]_67 EP_67 6.6e-08 84_[-3]_1 EP_101 9.1e-08 56_[+3]_29 EP_203 1.4e-07 82_[+3]_3 EP_187 1.4e-07 73_[-3]_12 EP_183 2e-07 7_[+3]_78 EP_260 7.1e-07 75_[-3]_10 EP_181 7.1e-07 [+3]_85 EP_209 8.6e-07 66_[-3]_19 EP_216 1e-06 73_[+3]_12 EP_30 1.8e-06 43_[-3]_42 EP_150 1.9e-06 22_[+3]_63 EP_49 1.9e-06 77_[-3]_8 EP_152 2.1e-06 24_[-3]_61 EP_147 2.3e-06 31_[+3]_54 EP_77 2.4e-06 39_[+3]_46 EP_119 3.6e-06 15_[+3]_70 EP_72 3.6e-06 84_[-3]_1 EP_266 4.8e-06 29_[+3]_56 EP_80 4.8e-06 51_[-3]_34 EP_75 9.9e-06 53_[-3]_32 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 3 width=15 seqs=21 EP_196 ( 19) CTATTTAAATGCAAA 1 EP_67 ( 85) CTCTTCAAATGCAAA 1 EP_101 ( 57) CTATTAAAATGCAAA 1 EP_203 ( 83) GCATTTAAATGCACA 1 EP_187 ( 74) TCCTTCAAATGCAAA 1 EP_183 ( 8) CCATTCAGTTGCACA 1 EP_260 ( 76) TTATTCAGATGCTAA 1 EP_181 ( 1) GTATTCAACTGCAAA 1 EP_209 ( 67) GCATTCAAGTGCTAA 1 EP_216 ( 74) CAACTCAAATGCAAA 1 EP_30 ( 44) TCATTCAGTTTCAAA 1 EP_150 ( 23) CCATTTGATTTCAAA 1 EP_49 ( 78) TCATTTAGATGCTCA 1 EP_152 ( 25) TCATTGAATTGCACA 1 EP_147 ( 32) CCACTCAAAGGCACA 1 EP_77 ( 40) CTATACAATTGCTAA 1 EP_119 ( 16) CCCTTTGAATTCAAA 1 EP_72 ( 85) GTACTAAATTGCTAA 1 EP_266 ( 30) GTCTTTGAATGCTAA 1 EP_80 ( 52) CCATTAAATAGCACA 1 EP_75 ( 54) CCACTCAAATTGTAA 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 23478 bayes= 10.4305 E= 5.7e-002 -1104 123 9 -21 -253 135 -1104 46 155 -23 -1104 -1104 -1104 -23 -1104 155 -253 -1104 -1104 178 -95 123 -223 5 163 -1104 -65 -1104 155 -1104 -23 -1104 105 -223 -223 27 -253 -1104 -223 171 -1104 -1104 185 -54 -1104 209 -223 -1104 127 -1104 -1104 27 137 35 -1104 -1104 186 -1104 -1104 -1104 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 21 E= 5.7e-002 0.000000 0.523810 0.238095 0.238095 0.047619 0.571429 0.000000 0.380952 0.809524 0.190476 0.000000 0.000000 0.000000 0.190476 0.000000 0.809524 0.047619 0.000000 0.000000 0.952381 0.142857 0.523810 0.047619 0.285714 0.857143 0.000000 0.142857 0.000000 0.809524 0.000000 0.190476 0.000000 0.571429 0.047619 0.047619 0.333333 0.047619 0.000000 0.047619 0.904762 0.000000 0.000000 0.809524 0.190476 0.000000 0.952381 0.047619 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.333333 0.714286 0.285714 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- [CGT][CT]ATT[CT]AA[AT]TGC[AT][AC]A -------------------------------------------------------------------------------- Time 874.03 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** SUMMARY OF MOTIFS ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001 -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME COMBINED P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- EP_1 5.61e-04 25_[-1(2.87e-05)]_12_[+2(3.56e-05)]_\ 37 EP_2 4.15e-01 100 EP_3 3.77e-02 100 EP_4 5.23e-01 100 EP_5 3.50e-01 100 EP_6 7.52e-02 100 EP_7 2.81e-02 100 EP_8 3.30e-02 100 EP_9 6.00e-01 100 EP_10 4.09e-02 42_[+3(7.82e-05)]_43 EP_11 2.52e-01 100 EP_12 3.04e-02 66_[+1(5.09e-05)]_19 EP_13 8.22e-02 6_[-1(5.09e-05)]_79 EP_14 8.08e-02 100 EP_15 1.28e-01 100 EP_16 2.09e-01 100 EP_17 3.52e-04 6_[+1(1.53e-05)]_79 EP_18 6.56e-02 100 EP_19 1.05e-04 53_[+2(3.40e-06)]_36 EP_20 4.91e-01 100 EP_21 8.02e-05 15_[+1(6.09e-05)]_7_[+2(3.69e-06)]_\ 52 EP_22 3.67e-04 52_[+1(3.43e-06)]_33 EP_23 1.73e-01 100 EP_24 8.10e-02 100 EP_25 7.79e-02 100 EP_26 2.36e-02 100 EP_27 1.07e-03 85_[+2(5.10e-06)]_4 EP_28 3.89e-01 100 EP_29 5.04e-01 100 EP_30 1.52e-03 43_[-3(1.79e-06)]_42 EP_31 8.77e-02 100 EP_32 1.61e-01 100 EP_33 1.41e-02 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